前作主角?圓堂守所率領(lǐng)的日本代表隊(duì)“閃電日本隊(duì)”在FFI世界大賽獲得優(yōu)勝的10年后、一位最喜歡足球的少年?松風(fēng)天馬因?yàn)殂裤介W電十一人、以及用過(guò)足球救他的閃電標(biāo)志，所以著進(jìn)入雷門(mén)中學(xué)、而加入雷門(mén)足球隊(duì)不過(guò)那時(shí)受到社會(huì)高度評(píng)價(jià)而且人材輩出的足球隊(duì)卻已經(jīng)消失、而讓足球完全腐敗了。不知為何、全國(guó)足球被叫作“第五部門(mén)”的組織所控制、如果不依照他們的指示踢球就不能比賽。而“第五部門(mén)”的種子選手(被京介稱(chēng)之為種子)?劍城京介只以一人之力就將整個(gè)雷門(mén)足球隊(duì)打得遍體鱗傷。于是他們?yōu)榱苏一厥昵暗淖闱蚓?、新雷門(mén)十一人們將要和成為雷門(mén)足球隊(duì)教練的圓堂一起共同奮戰(zhàn)....

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